Uma serie de linhas de ferries conectam Kefalonia com uma serie de ilhas vizinhas no Mar Jônico e com o continente europeu. Para quem parte de Atenas, a viagem até Patras é uma boa opção, onde encontram-se balsas até o porto de Sami. Um pouco adiante no Peloponeso, o porto de Kilini é conectado com alguns portos de Kefalonia, sendo seu principal destino da ilha o porto de Poros através de uma série de viagens diárias.
Astakos é um dos pontos do continente mais próximos da ilha e possui ferries quase todos os dias para o porto de Sami. Igoumenitsa fica mais ao norte na costa oeste da Grécia e uma vez por semana na temporada é conectada também com Sami. Dirigindo através da ilha de Lefkada, do seu porto de Nidri partem balsas até o norte de Kefalonia, o charmoso porto de Fiskardo.
Para outra grande ilha jônica, Zakynthos, parte um ferry de Pessada no sul de Kefalonia até o porto de Agios Nikolaos. Itaka, a famosa ilha de Ulisses, fica logo ao lado e há uma travessia diária para o isolado porto de Pisateos, situado no meio do canal formado pelas duas ilhas.
Há ferries que na temporada turística ligam Kefalonia à Itália diariamente para as cidades de Brindisi e Bari. Por fim, outra conexão, mas dessa vez interna entre seus dois maiores centros urbanos, é de Argostoli e Lixouri, ferries estão constantemente fazendo esta travessia de meia hora.